近日，據報道，在一系列違規操作中，小林化工制造的治療腳癬等的口服抗真菌藥伊曲康唑中，混入了高達日本相關規定最高限度2.5倍的催眠成分，239名服用處方藥的患者健康受損。 一些患者在服用該藥后失去意識，造成22起交通事故。 另外兩人吃了這種藥后死亡，但不清楚這兩起死亡事件和服用這種藥之間是否有因果關系。
上述違規操作的后果于2020年12月曝光。福井縣政府9日勒令該公司停業整頓116天，這是迄今日本藥企因違反本國《藥品與醫療器械法》受到的停業時間最長的處分。
小林化工公司還存在制藥原料使用不當，制藥過程違規，用陰陽賬簿應付檢查，捏造部分質量檢驗結果，發現異常后依然發貨等“8大過錯”。
福井縣和日本厚生勞動省調查發現小林化工公司從約40年前開始就存在捏造部分質量檢驗結果等問題。例如在該公司生產的約500種藥品中，約80%的藥品有虛假的制造記錄，公司現任社長小林廣幸等高管人員長期默許違規行為。目前這家公司已主動召回了41種藥品。